Zielonki należały do starych podkrakowskich wiosek. Pierwsze wzmianki o istnieniu można znaleźć już w XIII wieku, jednak ludzie osadzali się tu już od tysięcy lat o czym świadczą badania archeologiczne. Wieś powstała na prawach Niemieckich, co pozwoliło wyznaczyć pierwszego sołtysa oraz wytyczać centrum wsi, gdzie znajdował się plac publiczny.